Kepala UPT :
Merupakan pimpinan tertinggi di UPT P3 LLAJ Malang yang bertanggung jawab atas pengelolaan dan pengambilan keputusan dan bertanggung jawab kepada Kepala Dinas
Sub Bagian Tata Usaha :
Merupakan bagian yang bertugas mengelola administrasi umum, kepegawaian, keuangan, perlengkapan kantor, hubungan masyarakat, urusan rumah tangga, penyusunan program/anggaran/peraturan, kearsipan UPT, serta melakukan monitoring dan evaluasi organisasi dan tata laksana.
Seksi Lalu Lintas dan Angkutan :
Merupakan bagian yang bertugas menyusun perencanaan,mengelola data, melaksanakan operasional manajemen dan rekayasa lalu lintas, analisis dan evaluasi angkutan, koordinasi, keselamatan jalan, pelayanan teknis kendaraan & perizinan.
Seksi Pengendalian dan Operasional :
Merupakan bagian yang bertugas mengatur dan mengendalikan lalu lintas serta angkutan, melakukan pengawasan dan penertiban termasuk penyidikan pelanggaran, mengelola terminal, menangani kemacetan lalu lintas, serta melaksanakan investigasi awal kecelakaan lalu lintas.
Struktur organisasi ini untuk mengkoordinasikan dan melaksanakan kegiatan terkait transportasi dengan efektif. Setiap bagian memiliki peran dan tanggung jawabnya sendiri-sendiri dalam upaya meningkatkan pelayanan transportasi